聚合酶連鎖反應儀的上蓋必須在樣品槽開始加熱前先加熱至設定的上蓋溫度。
延遲情況視上蓋溫度設定、室溫及不同的加壓墊而有不同。上蓋加熱通常需要2至8分鐘。
「運作中停電」後電力再度恢復時，裝置會啟動並從停止之處繼續運行至程序結束。只要停電時不要碰觸電力開關就會如前所述進行。
另外，若電力長時間停止，在裝置再次啟動前會有短暫的延遲（在電力恢復後）。原因是上蓋需要1至2分鐘回到正確的溫度。
上蓋模組到達設定溫度後，程序會繼續進行。「停電後自動再次啟動」功能特別設計來保護PCR實驗。
可以！但不建議經常進行。
讓聚合酶連鎖反應儀在4°C運行整晚可能會縮短儀器的使用壽命。在大多數的應用情況中，若需運行整晚時請以16°C取代4°C，同樣可有效的保護DNA。
可以！TurboCycler 3的溫度升降速率可以從0.1°C調整至5.0°C。
上蓋有四種不同的溫度設定：
1. 130°C（與矮盤和加壓墊一起使用），需要額外的3分鐘進行上蓋加熱。
2. 105°C
3. 加熱器關閉
4. 35°C - 130°C間的任何溫度
TurboCycler 3 的三個樣品槽間是可以互相交換的，這也代表他們可以置換到不同的位置。此外即使1至2個樣品槽被移除，留存的樣品槽還是可以正常運行。因此若任何一槽需要進行維護，只需寄送單一樣品槽至藍光經銷商，其餘樣品槽可繼續運行實驗。
儲存限制如下：
- Protocol：大於4000組
- 歷史記錄：50組
- 使用者資料夾：100組
儲存的Protocol達到限制量時，會以訊息提醒使用者刪除一些Protocol。系統不會覆蓋現有的Protocol。
然而，儲存的歷史記錄達到限制量時，新的歷史記錄會覆蓋較舊的資料。使用者可以設定當歷史記錄儲存接近限制量時進行提醒。
每一個樣品槽組都有獨立的加熱元素、加熱模塊、風扇，及排風通道等等，因此彼此之間不會互相影響。
- 樣品槽模式：依照實際的樣品槽溫度讓系統操作達到最大溫度控制效能，不需考慮樣品溫度。此模式特別用於模仿早期聚合酶連鎖反應儀的控制系統。
- 樣品模式：讓系統操作達到模擬的溫度控制。使用者必須輸入樣品體積：5-100μl。在此模式下，溫度控制系統會依據樣品槽溫度和樣品量來估算樣品溫度。此為正常操作所建議的模式。