试管和聚合酶连锁反应仪之间的温度差异导致试管内产生凝结状况。试管温度在每次程序的最后可能会维持在4°C一段时间。所有聚合酶连锁反应仪都会有同样情况。如同把一瓶水放入冰箱中，水会凝结在瓶颈处。
试管内水分蒸发至环境的多寡取决于试管密封的完整性。
若密封或试管无法在运行中承受温度循环，则可能产生变形。此变形状况可能严重到破坏密封。质量不佳的储存盘和密封膜可能会产生变形，进而使密封破裂。避免使用质量不佳的消耗品。重要的是运行中维持盘子和密封膜不变形。
聚合酶连锁反应仪的上盖必须在样品槽开始加热前先加热至设定的上盖温度。
延迟情况视上盖温度设定、室温及不同的加压垫而有不同。上盖加热通常需要2至8分钟。
「运作中停电」后电力再度恢复时，装置会启动并从停止之处继续运行至程序结束。只要停电时不要碰触电力开关就会如前所述进行。
另外，若电力长时间停止，在装置再次启动前会有短暂的延迟（在电力恢复后）。原因是上盖需要1至2分钟回到正确的温度。
上盖模块到达设定温度后，程序会继续进行。「停电后自动再次启动」功能特别设计来保护PCR实验。
可以！但不建议经常进行。
让聚合酶连锁反应仪在4°C运行整晚可能会缩短仪器的使用寿命。在大多数的应用情况中，若需运行整晚时请以16°C取代4°C，同样可有效的保护DNA。
可以！TurboCycler 3的温度升降速率可以从0.1°C调整至5.0°C。
上盖有四种不同的温度设定：
1. 130°C（与矮盘和加压垫一起使用），需要额外的3分钟进行上盖加热。
2. 105°C
3. 加热器关闭
4. 35°C - 130°C间的任何温度
TurboCycler 3 的三个样品槽间是可以互相交换的，这也代表他们可以置换到不同的位置。此外即使1至2个样品槽被移除，留存的样品槽还是可以正常运行。因此若任何一槽需要进行维护，只需寄送单一样品槽至蓝光经销商，其余样品槽可继续运行实验。
储存限制如下：
- Protocol：大于4000组
- 历史记录：50组
- 使用者文件夹：100组
储存的Protocol达到限制量时，会以讯息提醒用户删除一些Protocol。系统不会覆盖现有的Protocol。
然而，储存的历史记录达到限制量时，新的历史记录会覆盖较旧的数据。用户可以设定当历史记录储存接近限制量时进行提醒。
每一个样品槽组都有独立的加热元素、加热模块、风扇，及排风通道等等，因此彼此之间不会互相影响。
- 样品槽模式：依照实际的样品槽温度让系统操作达到最大温度控制效能，不需考虑样品温度。此模式特别用于模仿早期聚合酶连锁反应仪的控制系统。
- 样品模式：让系统操作达到仿真的温度控制。使用者必须输入样品体积：5-100μl。在此模式下，温度控制系统会依据样品槽温度和样品量来估算样品温度。此为正常操作所建议的模式。